Network Biology:
Equipo c-14

Challenge de Network Biology (instructores Jorge Gómez Tejeda y Jeffry Granados)
realizado por el equipo C-14 dentro del Track C, CdeCMx Challenge 2020.


Retos y complicaciones

Como parte de cualquier proyecto o trabajo de investigación, nos encontramos con
retos y complicaciones. En línea con el método científico, es esencial reconocer los puntos
que presentan áreas de oportunidad.

Área de oportunidad

Un posible problema en general de este proyecto, es que sólo tomamos en cuenta los nodos que interactúan entre sí de las red de las proteínas virales, humanas que está combinada con la de fármacos, y, considerando que solo nos enfocamos en los nodos que tienen interacción, entonces no se vieron las dos redes completas. Esto quiere decir que la información solo se vio de una manera, pero pueden haber muchas otras para interpretarla.

Retos

Ninguno de los integrantes del equipo tenía amplia experiencia en programación y habilidades computacionales, por lo que la realización del Challenge y página web pudieron haber tomado más tiempo del que se había designado, lo que generó frustración. No obstante, el equipo de Instructores y Staff contaron siempre con disponibilidad para ayudarnos a sobrellevar las complicaciones.

En un principio, la visualización de redes a través de NetworkX en Jupyter Notebook resultaba muy pobre y difícil de apreciar. Por otro lado, los instructores recomendaban usar Cytoscape, sin embargo, ello habría requerido muchos recursos computacionales y tiempo, con los que no contabamos. Finalmente, los Instructores nos enseñaron a enfocar las redes en unos cuantos nodos para que resultara más fácil su análisis.

  • ¿Qué aprendimos?