¿Cuál fue nuestro Challenge?
Nuestro Task, Network Biology Challenge,
consistió en cuantificar propiedades de
redes de interacción de proteínas.
Utilizando NetworkX en Jupyter Notebook, importamos tres redes diferentes de Protein-Protein Interaction (PPI), las visualizamos y calculamos algunas medidas básicas de redes.
Las redes PPI que ocupamos con objetivo de reposicionamiento de fármacos para COVID-19 fueron:
SARS-CoV-2 - Human PPI network. Gordon et al., Nature 2020.
Human PPI network. Luck et al., Nature 2020.
Drug - Human protein target network. DrugBank.
Instrucciones
1) Usar NetworkX para obtener medidas de teoría de redes, como Rango, Distancia y Centralidad, para cada una de las tres redes PPI.
2) Combinar estas tres redes PPI y obtener las mismas medidas de teoría de redes.
3) Aplicar los métodos basados en proximidad de "Pipeline P1" y "Pipeline P2" del artículo de Gysi et al. para la red fusionada.
4) Aplicar los métodos basados en proximidad descritos en el artículo de Zhou et al. para la red fusionada.
5) Visulizar los resultados para cada una de estas partes.
Debíamos realizar al menos el punto 1 y su visualización (punto 5).